Abakanowicz 1930. június 20-án született a Varsó melletti Falentyben. A varsói Képzőművészeti Akadémián, valamint a tengermelléki Sopotban működő képzőművészeti főiskolán tanult.

A hatvanas évek közepétől szövéstechnika felhasználásával háromdimenziós tárgyakat - úgynevezett abakanokat - alkotott, melyek átértelmezték az addig túlnyomóan dekorációs jellegű, egyfelületű alkotásokban felhasznált szövetek képzőművészeti szerepét. Az abakanokért a művész aranyérmet kapott az 1965-es Sao Pauló-i Biennálén.

Nemzetközi elismertségét növelték a múlt század 70-es éveiben készült szövetszoborciklusai, az Alterációk. A megsokszorosított objektumokból többek között a Fejek, az Ülő figurák, a Hátak című ciklusok álltak.

A 70-es évek végén a zsákvászonból és gyantából készült Embriológia ciklusát az 1980-as velencei biennálén, majd 2005-ben a budapesti Szépművészeti Múzeumban rendezett életmű-kiállításon is bemutatták.

A 80-as évektől Abakanowicz hagyományos szobrászati anyagokat is felhasznált, fából, kőből, fémből alkotott. A fa és a fém felhasználásával készült Háborús játékok című ciklusát 1988-ban a budapesti Műcsarnokban mutatták be először.

Hagyományos anyagokból szabadtéri munkákat is alkotott, amelyek jelenleg olaszországi, németországi, dél-koreai, izraeli, amerikai köztereket díszítenek. Az egyik legjelentősebb ilyen nagyszabású alkotás - a 112 öntöttvas figurából álló Felismerhetetlenek - 2002 óta a nyugat-lengyelországi Poznanban található.

Abakanowicz színházi koreográfiával is foglalkozott, érdeklődött az avantgárd japán táncstílus, a butoh iránt és színpadi terveket készített lengyel és japán táncosok számára.

Magdalena Abakanowiczot számos nemzetközi elismerésben részesítették, művei a világ több mint 70 gyűjteményében találhatóak, többek között a párizsi Pompidou Központban, a New York-i Metropolitan Museumban, illetve a kiotói The National Museum of Modern Artban.