Az uniós szervezetet több nemzetközi sajtóorgánum azzal vádolta, hogy tagjai áprilisban, a görög határőrséget segítve részt vettek a Földközi-tengeren át érkező menedékkérők erőszakos visszaterelésében.

Az ügyről folytatott uniós parlamenti meghallgatáson Fabrice Leggeri, a Frontex ügyvezető igazgatója azt állította, nincs bizonyíték arra, hogy az ügynökség dolgozói részt vettek a görög hatóságok jogellenes intervenciójában, amelynek keretében a görög parti őrség megállította és visszafordította a migránsokat szállító hajókat a török területi vizekre.

Leggeri többek között hivatkozott a Földközi-tenger keleti medencéjének bonyolult geopolitikai helyzetére, továbbá hangsúlyozta azt is, hogy a Frontex munkatársainak követniük kellett a fogadó tagállam - ebben ez esetben Görögország - hatóságainak utasításait. Utalt arra is, hogy ez év márciusa és áprilisa között az ügynökség dolgozói rendkívüli stressznek voltak kitéve az események helyszínén: a Frontex repülőgépeit török vadászgépek vették körül, egy török katona pedig rálőtt az ügynökség egyik szolgálatot teljesítő járőrére a török-görög határon.

Az EP-képviselők egy része szerint túl sok ilyen "állítólagos" jogsértésről tettek bejelentést a jogvédő szervezetek, és felkérték a Frontexet, hogy működését tegye átláthatóbbá, és legyenek tisztségviselői az alapjogok megsértésével kapcsolatos panaszok kezelésére. Többen további vizsgálatokat indítványoztak az üggyel kapcsolatban, és Leggeri lemondását sürgették.

A LIBE bizottság más tagjai viszont támogatásukról biztosították az uniós szervezetet, kiemelve a határőrök nehéz munkáját és az embercsempészet elleni küzdelmük fontosságát.