Preşedinţii scaunelor Brăduţ-Micloşoara, Ciuc, Gheorgheni, Târgu Secuiesc şi Odorhei şi-au exprimat, printr-o scrisoare deschisă transmisă presei, îngrijorarea cu privire la faptul că CNS s-a abătut de la calea sa iniţială şi că a devenit dictatorială, "controlată manual". În opinia lor, problemele din managementul CNS ameninţă eficacitatea luptei pentru autodeterminare. Scrisoarea deschisă a fost semnată de cinci dintre cei opt preşedinţi de scaune din Secuime.

Semnatarii scrisorii se plâng că preşedintele a exclus un membru din cadrul Delegaţiei Permanente şi că nu prezintă delegaţiei situaţia financiară a organizaţiei. Cei cinci preşedinţi i-au cerut preşedintelui CNS Balázs Izsák să convoace, în termen de 15 zile, o şedinţă extraordinară a Delegaţiei Permanente, la care să se discute plângerile celor cinci scaune secuieşti.

Balázs Izsák a declarat, pentru cotidianul maghiar Krónika: o şedinţă a Delegaţiei Permanente este convocată de peste o săptămână, reuniunea urmând să aibă loc la data de 23 februarie, la Sfântu Gheorghe, ocazie cu care vor putea fi discutate toate problemele care provoacă tensiuni în cadrul CNS. Doar dacă nu ar fi luat în considerare propunerile preşedinţilor de scaune, s-ar putea vorbi de o conducere de tip dictatorial - a adăugat preşedintele CNS. Însă în cadrul forumurilor interne ale consiliului, şefii scaunelor nu au profitat de ocazia de a face propuneri - a spus Izsák.

La congresul din luna octombrie 2017, noul mandat de patru ani în fruntea consiliului a fost câştigat de Balázs Izsák după o luptă strânsă. Acesta a obţinut sprijinul a 109 delegaţi, în timp ce preşedintele Consiliului Secuiesc din Odorhei, Csaba Farkas a primit 93 de voturi de încredere.

În structura sa, Consiliul Naţional Secuiesc a păstrat unităţile teritoriale istorice ale secuimii: aşezările şi scaunele. Consiliile scaunelor secuieşti sunt formate din consiliile secuieşti ale aşezărilor, iar CNS, din consiliile scaunelor secuieşti.