Guvernul de la Budapesta nu a fost dispus să accepte doleanţele, preferând să amâne tema, iar contrele dintre români şi maghiari s-au acutizat.

În septembrie, a doua adunare de la Blaj s-a desfăşurat deja într-o atmosferă tensionată, românii înarmaţi de comandantul austriac Puchner Antal şi aflaţi sub acoperire în slujba lui au refuzat să recunoască Guvernul Ungariei, adresându-se împăratului. În Transilvania s-au creat premisele unui război civil, masacrele şi atrocităţile erau frecvente. Până în primăvara lui 1849 honvezii lui Bem au curăţat mare parte a Transilvaniei de imperialişti şi răsculaţii români, dar grupul celor din urmă, condus de Avram Iancu, se ascundea în Munţii Apuseni.

Cu timpul şi în rândul conducerii ungare au apărut voci care susţineau urgenţa unui acord cu naţiunile. Ambasadorul Ungariei la Paris, Teleki László, care ţinea legătura cu refugiaţii slavi şi români îi scrie în martie 1849 lui Kossuth: "Nu atât cu austriecii, cât cu sârbii, croaţii şi românii ar trebuie să ajunge la un acord. Austria nu poate cădea astfel, nu poate fi decimată doar dacă reconstruim Ungaria ca o federaţie". În mai Teleki a redesenat Ungaria, după un plan federativ, pe care l-a prezentat într-o scrisoare adresată preşedintelui-guvernator, anticipând planul Kossuth pentru o Federaţie a Dunării, pe care l-a elaborat în exil.

Kossuth însă s-a delimitat clar de acesta, sub mirajul statului unitar, şi s-a opus puternic ideii de a asigura naţionalităţilor o autoguvernare teritorială. Punctul lui de vedere a început să se schimbe în timpul intervenţiei ruseşti, când, în faţa mult mai puternice armate austro-ruse Armata Ungară a fost în permanenţă forţată să se retragă. Kossuth a sperat ca în urma concesiilor făcute naţionalităţilor să câştige aliaţi şi să îi aşeze pe sârbii şi românii, care luptaseră odinioară împotriva lui, de partea luptei pentru libertate.
Constituţia impusă cu forţa în martie 1849 a fost ca un duş rece şi pentru răsculaţii români, deoarece a clarificat cât de falsă a fost speranţa cu care se agăţau de curtea vieneză. După adoptarea Proclamaţiei de Independenţă pe 14 aprilie, reprezentantul românilor în parlamentul ungar Ioan Dragoş a demarat la Abrud, mandatat de premier, negocieri cu Avram Iancu. Încercarea a eşuat, deoarece, în lipsa unui armistiţiu declarat liderul unei grupări libere, maiorul Hatvani Imre, a atacat, în mod arbitrar românii. Iancu a reuşit să scape şi, ulterior, să îl pună pe fugă pe Hatvani.

Speranţa împăciuirii a renăscut graţie unor lideri, obligaţi în 1848 să emigreze în urma înăbuşirii revoluţiei din Ţara Românească de către turci şi ruşi. Nicolae Bălcescu, care trăise intervenţia rusească, a recunoscut că inamicii comuni ai maghiarilor şi românilor sunt habsburgii, a avut în vedere, în primul rând, lupta împotriva acestora şi îi era clar că pentru a-i atrage de partea ei pe românii din Transilvania, Budapesta trebuia să le facă o ofertă corespunzătoare.

Kossuth şi Balcescu au discutat în mai 1849 de mai multe ori la Debrecen, dar revoluţionarul român a primit un răspuns concret doar peste o lună. Documentul a fost trimis lui Iancu, iar acesta a transmis: ar fi dispus să depună armele, dacă observă concesii corespunzătoare. Reprezentanţii guvernului ungar şi delegaţia lui Bălcescu s-au aşezat la începutul lui iulie la masa discuţiilor, în oraşul Szeged, care servea drept sediul guvernului. În noaptea zilei de 13 iulie, Kossuth şi Bălcescu au căzut de acord asupra textului proiectului de împăciuire, în 13 puncte, plus alte trei subpuncte referitoare la agricultorii români şi un document cu privire la înfiinţarea unei legiuni româneşti, care să susţină armata ungară. Proiectul a fost semnat pe 14 iulie de către cei doi, în prezenţa mai multor membri ai Guvernului Ungariei. Bălcescu a scris atunci unui prieten: "Slavă Domnului, patria a scăpat!".

Proiectul îi recunoştea pe români drept o naţiune separată, a ajutat ca aceştia să îşi rezolve liber chestiunile bisericeşti şi pe cele legate de şcoli, le dădea dreptul la administraţie în limba română, în localităţile locuite de români, în judeţele locuite preponderent de români în justiţie se utiliza şi maghiara şi româna, Biserica Ortodoxă Română se desprindea de cea sârbă, liderul ei primea titlul de patriarh, la Universitatea din Budapesta era înfiinţată o secţie de teologie separată, românii aveau voie să organizeze, anual, adunări pe teme legate de credinţă şi învăţământ, puteau ocupa funcţii de stat, iar iobagii români erau eliberaţi de obligaţiile lor feudale. Proiectul îi obliga pe răsculaţi să predea armele şi le asigura amnistia.

După lungi dezbateri, legislativul ungar a adoptat pe 28 iulie, la Szeged, prima lege a minorităţilor din Europa, proiectul fiind extins şi pentru alte naţionalităţi. Implementarea ei nu a mai avut loc, deoarece Revolutia a fost înfrântă câteva săptămâni mai târziu şi au început represaliile.