Az uniós jog néhány közös szabálya közé tartozik, hogy minden tagállamnak arányos képviseleten alapuló választási rendszert kell alkalmaznia az EP-képviselők választásakor, és vagy listás rendszer, vagy pedig az egyetlen átvihető szavazatos rendszer alapján kell működniük. Egyebekben a tagállamok mindegyike saját szabályai szerint folytatja le a választásokat.

Egyes országokban úgynevezett zártlistás rendszert alkalmaznak a szavazásnál, a választók hagyományosan egy X-et vagy +-t tesznek a leginkább preferált pártjuk neve mellé. A képviselői helyeket a listák között a leadott szavazatok arányában osztják el, a jelöltek pedig a pártok által megállapított sorrendben kapnak mandátumot. A szavazók tehát csak a listáról szavazhatnak és nincs lehetőségük az azon szereplő jelöltek sorrendjének megváltoztatására.

Ilyen módon voksolhatnak a június 6. és 9. közötti EP-választáson Magyarország mellett Franciaország, Németország, Portugália, Románia és Spanyolország választópolgárai.

Az EU-országok többségében azonban úgynevezett preferenciális szavazást alkalmaznak: a választó nemcsak a pártra szavaz, hanem személyekre is, ezzel módosíthatja a pártok által összeállított listákat.

Ez azt jelenti, hogy a szavazó a jelöltlistán - országtól függően - egy vagy több jelöltig rangsorolhatja szavazatát. Az a jelölt lesz az első a listán, aki a legtöbb szavazatot kapja, az a második, aki a második legtöbb szavazatot és így tovább. Így a jelöltek sorrendjét, azt, hogy ki jut be a listáról az EP-be, a választók fogják eldönteni. Ilyen preferenciális szavazással választhatják meg EP-képviselőiket Ausztria, Belgium, Bulgária, Ciprus, Csehország, Dánia, Észtország, Finnország, Görögország, Hollandia, Horvátország, Lengyelország, Lettország, Litvánia, Luxemburg, Olaszország, Svédország, Szlovákia és Szlovénia választói.

Máltán és Írországban pedig a single transferable vote (egyszeri átvihető szavazat) szisztémát alkalmazzák, azaz a választó valamennyi listáról válogathat jelöltet. Az egy szavazattal rendelkező választópolgár kiválasztja azt a jelöltet, akit képviselőnek szeretne, de megjelöli, hogy kit szeretne képviselőjének másod-, harmad- vagy negyedsorban (egészen addig, ahány mandátumot kiosztanak a választókerületben).